Jørgen Fuglebæk er dirigentuddannet ved Royal Academy of Music, London 1980 og Cand.phil. i Musikvidenskab fra Københavns Universitet.

Han var pristager ved Ung nordisk dirigenttävling i Sverige og debuterede i Tivolis koncertsal med Sjællands Symfoni Orkester 1981. Han har dirigeret de fleste danske orkestre og turneret over det meste af Europa.

Han er en efterspurgt instruktør ved stævner og kurser og underviser i direktion ved Det Kongelige Danske Musikkonservatorium og har modtaget flere priser. Han er udnævnt Ridder af Dannebrog 2012.